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この節では、Microsoft Windowsシステムにおいて、MATLAB APIに関連するファイルの構成と目的を説明します。
つぎの図は、MATLAB APIファイルが存在するディレクトリを示しています。図中で、<matlab>は、システム上でMATLABがインストールされている最上位ディレクトリを示します。

<matlab>\bin\win32
<matlab>\bin\win32ディレクトリは、CおよびFortranファイルからMEX-ファイルをビルドするmex.batバッチファイルを含みます。また、このディレクトリは、mex.batが用いるPerlスクリプトmex.plも含みます。
<matlab>\bin\win32\mexopts
<matlab>\bin\win32\mexopts ディレクトリは、mexスクリプトが特定のコンパイラで利用するあらかじめ設定されたオプションファイルを含みます。オプションファイルの一覧は、「オプションファイル」を参照してください。
<matlab>\extern\include
<matlab>\extern\includeディレクトリは、MATLABとのインタフェースを行うCおよびC++アプリケーションの開発用のヘッダファイルを含んでいます。
MATLAB API (MEX-ファイル、エンジン、MAT-ファイル)に関連するヘッダファイルは、つぎの通りです。
engine.hmat.hmatルーチン用の関数のプロトタイプを含みます。matrix.hmxArray構造体の定義と行列アクセスルーチンの関数プロトタイプを含むヘッダファイルです。mex.hmexルーチンの関数プロトタイプを含みます。_*.def*.defmexversion.rc<matlab>\extern\src
<matlab>\extern\srcディレクトリは、MEX-ファイルのデバッグに用いるファイルを含みます。
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